明神宗長子朱常洛的生母王氏原本是一普通宮女，在慈寧宮侍奉慈圣太后（明神宗生母）。有一天，明神宗來到慈寧宮向母親請安，剛好太后不在，神宗正要離開時，發現了清秀可人的王氏，于是私下臨幸。按照宮中規矩，皇帝臨幸宮女，應該賜一物件給對方，作為臨幸的憑證。但明神宗認為王氏是母親宮中的宮女，私下臨幸是一件不光彩的事情，所以沒有給王氏任何信物，自顧自地去了。誰知道這片刻風流后，王氏竟然懷上了龍種。慈安太后本人也是宮女出身，知道此事后不但沒有為難王氏，還十分高興地召來明神宗詢問究竟。但出人意料的是，明神宗竟然矢口否認曾經私幸過王氏。只是這否認沒有什么效果，皇帝的日常起居包括性生活都有專人記錄，明神宗臨幸王氏的事早就被記錄在《內起居注》中。實在無可抵賴了，明神宗才紅著臉默認了。

　　明神宗對王宮女的臨幸只是一時興起，并不當真，新鮮勁兒一過，便不想負責任，因此他對王氏都沒有什么感情。慈安太后卻是一位賢后，讓兒子立王氏為恭妃，并且告訴兒子說：“我已經年紀大了，但還沒有嘗過抱孫子的滋味，如果王恭妃生個男孩，這是宗社的福氣，母以子貴，可不能計較原先的貴賤啊！”

　　十月懷胎后，王氏生下了明神宗的第一個兒子——朱常洛。王宮人雖然被立為恭妃，但皇長子朱常洛一直沒有被立為太子。

　　萬歷十四年正月，寵冠后宮的鄭妃生下一子，取名朱常洵。鄭妃聰明機靈，明神宗與她情深意篤，一直保持終生。由于皇帝對鄭妃言聽計從，在很長的一段時間內，她一直是一個朝野注目的人物，并招致了幾乎所有人的唾罵。

　　因為鄭妃是皇帝的心尖，生了兒子后，明神宗立即晉封鄭妃為貴妃。大學士申時行等，認為皇長子朱常洛年已五歲，生母恭妃一直未聞加封，但鄭妃甫生皇子，即晉封冊，顯見得是鄭妃專寵。大學士們擔心將來定有廢長立幼的事情，于是上疏請冊立東宮，有“祖宗朝立皇太子，英宗以二歲，孝宗以六歲，武宗以一歲，成憲具在”之語。但明神宗在鄭貴妃的慫恿下，總想借機立朱常洵為太子，于是就想出了種種辦法拖延，但遭到大臣們的極力反對。當時太子又叫國本，因此，皇帝與大臣間的這次斗爭又稱為“國本之爭”。大臣力爭，要立朱常洛為太子，明神宗一拖再拖，大臣再爭，爭了十五年，使得宮廷斗爭變得錯綜復雜。

　　第一次“妖書案”便是在這期間發生的。

　　萬歷十八年（1590年），著名大儒呂坤擔任山西按察使，在職期間，他采輯了歷史上賢婦烈女的事跡，著成《閨范圖說》一書。宦官陳矩（后來執掌東廠，參與審理第二次“妖書案”）出宮時看到了這本書，買了一本帶回宮中。鄭貴妃看到之后，想借此書來抬高自己的地位，于是命人增補了十二人，以漢明德皇后開篇，鄭貴妃本人終篇，并親自加作了一篇序文。之后，鄭貴妃指使伯父鄭承恩及兄弟鄭國泰重新刊刻了新版的《閨范圖說》。

　　實際上，盡管第二版的《閨范圖說》與第一版有許多相同之處，但出書人的初衷卻有本質的區別，但逐漸有人開始將兩版書混為一談。

　　萬歷二十六年（1598年）五月，擔任刑部侍郎的呂坤上《天下安危疏》（《憂危疏》），請明神宗節省費用，停止橫征暴斂，以安定天下。吏科給事中戴士衡借此事大作文章，上疏彈劾呂坤，說他先寫了一本《閨范圖說》，然后又上《安危疏》，是“機深志險，包藏禍心”，“潛進《閨范圖說》，結納宮闈”，逢迎鄭貴妃。呂坤平白無故地蒙受了不白之冤，立即上疏為自己辯護，說：“先是，萬歷十八年臣為按察使時，刻《閨范》四冊，明女教也。后來翻刻漸多，流布漸廣，臣安敢逆知其傳之所必至哉？……伏乞皇上洞察緣因《閨范圖說》之刻果否由臣假托，仍乞敕下九卿科道將臣所刻《閨范》與（鄭）承恩所刻《閨范圖說》一一檢查，有無包藏禍心？”

　　呂坤確實比較冤枉，他原來的書被人改頭換面，本來就與他無關，而還說他自己偷偷送進宮里，企圖“結納宮闈”，更是莫名其妙的罪名。因為整個事情牽涉到鄭貴妃，明神宗裝聾作啞，沒有理睬。

　　不料平地再起風云，一個自稱“燕山朱東吉”的人專門為《閨范圖說》寫了一篇跋文，名字叫《憂危竑議》，以傳單的形式在京師廣為流傳。“朱東吉”的意思是朱家天子的東宮太子一定太吉。“憂危竑議”四字的意思是：在呂坤所上的《憂危疏》的基礎上竑大其說，因為《憂危疏》中沒有提到立太子的問題。文中采用問答體形式，專門議論歷代嫡庶廢立事件，影射“國本”問題，大概意思是說，《閨范圖說》中首載漢明德馬后，馬后由貴人進中宮，呂坤此意其實是想討好鄭貴妃，而鄭貴妃重刊此書，實質上是為自己的兒子奪取太子位埋下的伏筆。又說：呂坤疏言天下憂危，無事不言，惟獨不及立皇太子事，用意不言自明。又稱呂坤與外戚鄭承恩、戶部侍郎張養蒙，山西巡撫魏允貞等九人結黨，依附鄭貴妃。

　　此文（即所謂的“妖書”）一出，立即引起了軒然大波。人們不明所以，紛紛責怪書的原作者呂坤。呂坤憂懼不堪，借病致仕回家。

　　明神宗看到《憂危竑議》后，大為惱怒，可又不好大張旗鼓地追查作者。鄭貴妃伯父鄭承恩因為在《憂危竑議》中被指名道姓，也大為緊張，便懷疑《憂危竑議》為戴士衡和全椒知縣樊玉衡所寫。在戴士衡上疏之前，全椒知縣樊玉衡曾上疏請立皇長子為皇太子，并指斥鄭貴妃。

　　明神宗也不想把事情鬧大，便親下諭旨，說明《閨范》一書是他賜給鄭貴妃的，因為書中大略與《女鑒》一書主旨相仿佛，以備朝夕閱覽。又下令逮捕樊玉衡和戴士衡，經過嚴刑拷掠后，以“結黨造書，妄指宮禁，干擾大典，惑世誣人”的罪名分別謫戍廣東雷州和廉州。而呂坤因為已經患病致仕，置之不問。

　　呂坤之后再也沒有步入仕途，閉門著述講學，二十年后謝世。著名的《呻吟語》便是其作品。

　　戴士衡于萬歷四十五年（1617年）死于廉州。

　　明光宗即位后，起用樊玉衡為南京刑部主事，不過為樊玉衡推辭。

　　第一次“妖書案”，由于明神宗故意輕描淡寫地處理，所以并未引起政壇的震動。至于誰是《憂危竑議》的真正作者，始終沒有人知道。而六年后的第二次“妖書案”就非同一般了，其曲折離奇之處，令人匪夷所思。

　　在正式講第二次“妖書案”前，先繼續講“國本之爭”。明神宗遲遲不立長子朱常洛為太子，自然是想立鄭貴妃之子朱常洵。但封建皇朝對嫡長制看得很重，太子必須立嫡（皇后所生之子稱嫡），無嫡立長，在皇帝無子的情況下，可以兄終弟及。

　　當時明神宗皇后還在世，為了能夠名正言順地立鄭貴妃之子朱常洵為太子，唯一的辦法就是等到原配皇后死了，扶鄭貴妃為皇后，這樣朱常洵的身份就變成了“嫡子”，名份超越了朱常洛的“長子”。基于這樣的考慮，明神宗在立太子的問題上采取了“拖”的態度，一直要拖到鄭貴妃當皇后為止。為了鄭貴妃，明神宗幾乎得罪了所有的人，但他卻不敢在敗壞祖制這條路上走得太遠。然而，天不遂人愿，偏偏明神宗皇后遲遲不死，不僅如此，還對王恭妃所生的皇長子朱常洛十分愛護。

　　明神宗一拖再拖，大臣們自然不同意，上疏者前赴后繼，但都沒有起到任何效果。到了萬歷二十九年，明神宗到到慈圣太后那里問安，這位老太后不滿意地問明神宗為什么遲遲不立太子。可能是老太后威風猶在的緣故，也可能明神宗對太后的問題事先沒有準備，驚惶之下竟然說了一句關鍵的錯話：“他（指兒子朱常洛）是都人（明朝皇宮內稱呼宮人為都人）之子。”意思是說朱常洛出身卑賤。但明神宗顯然是鬼迷心竅，他忘記了他母親也是都人出身。當慈圣太后怒氣沖沖地指著他說 “你也是都人的兒子”時，明神宗這才醒悟過來，然后驚恐地“伏地不敢起”了。

　　這件事后，轉眼到了八月，內閣大學士沈一貫上了一疏，竟然立竿見影地收到了奇效。奏疏中用“多子多孫”勸明神宗早立太子，終于打動了皇帝，下詔即日舉行冊立太子禮。這太子的人選，自然是指長子朱常洛。

　　朝野上下，聞訊而歡聲雷動。但鄭貴妃卻坐不住了，為此跟明神宗大鬧了一場，明神宗又開始動搖，以“典禮未備”為由，要改期冊立太子。在關鍵時刻，沈一貫起了相當關鍵的作用，他將明神宗的手詔封還，堅決不同意改期。在這樣的情況下，明神宗總算下了決心，于十月十五正式冊立皇長子常洛為太子，朱常洵被封為福王。這位福王，就是后來在明末被農民起義軍殺死后剁成肉醬的那位。

　　朱常洛雖然當上了太子，但其實日子并不好過。明神宗不大喜歡他，鄭貴妃也對太子位虎視眈眈，隨時想“易儲”。

　　萬歷三十一年（1603年）十一月十一日清早，內閣大學士朱賡在家門口發現了一份題為《續憂危竑議》的揭帖，指責鄭貴妃意圖廢太子，冊立自己的兒子為太子。不僅朱賡收到了這份傳單似的東西，之前一夜，已經在京師廣為散布，上至宮門，下至街巷，到處都有。《續憂危竑議》假托“鄭福成”為問答。所謂“鄭福成”，意即鄭貴妃之子福王朱常洵當成。書中說：皇上立皇長子為皇太子實出于不得已，他日必當更易；用朱賡為內閣大臣，是因“賡”與“更”同音，寓更易之意。此書大概只有三百來字，但內容卻如同重鎊炸彈，在京城中掀起了軒然大波。時人以此書“詞極詭妄”，故皆稱其為“妖書”。

　　明神宗得知后，大為震怒，下令東廠、錦衣衛以及五城巡捕衙門立即搜捕，“務得造書主名”，第二次“妖書案”由此而起。

　　《續憂危竑議》中，指名道姓地攻擊了內閣大學士朱賡和首輔沈一貫，說二人是鄭貴妃的幫兇。這二人大驚失色，除了立即上疏為自己辯護外，為了避嫌，不得不帶罪在家。沈一貫老謀深算，為了化被動為主動，便指使給事中錢夢皋上疏，誣陷禮部右侍郎郭正域和另外一名內閣大學士沈鯉與“妖書案”有關。

　　之所以要誣陷沈鯉，除了因為沈鯉與沈一貫一直不和外，還因為當時內閣只有三人——首輔沈一貫、次輔朱賡，以及沈鯉，沈一貫和朱賡均被“妖書”點名，只有沈鯉一個人榜上無名，獨自主持內閣工作，自然，人們會理所當然地懷疑他。

　　而誣陷郭正域，一是因為郭正域之前與沈一貫因為楚王一事鬧得很不愉快，二是同知胡化告發妖書出教官阮明卿之手，而阮明卿就是給事中錢夢皋的女婿。錢夢皋為了替女婿脫罪，需要找個替罪羊。郭正域不但是沈鯉的門生，而且是胡化的同鄉，加上當時已經被罷官，即將離開京師，很有“發泄私憤”的“嫌疑”。

　　總而言之，沈一貫和錢夢皋聯合起來誣陷沈鯉和郭正域，不過是挾嫌報復，但卻由此引發一場大獄。

　　郭正域正要離開京師時被捕。巡城御史康丕揚在搜查沈鯉住宅時，又牽扯出名僧達觀（即著名的紫柏大師）和醫生沈令譽。達觀和沈令譽都受到了嚴刑拷打，達觀更是被拷打致死，但二人都未能如沈一貫所愿，牽扯出郭正域等人。

　　這里好重點講一下東廠、錦衣衛和三法司（刑部、都察院、大理寺）的會審。為了讓沈令譽服罪，事先做了不少布置。沈令譽奶媽的女兒只有十歲，也被叫到大堂作證。東廠提督陳矩（之前帶呂坤《閨范圖說》入宮的那位）問那小女孩：看到印刷妖書的印版有幾塊。那小女孩說：滿滿一屋子。陳矩聽了忍不住大笑。《續憂危竑議》只有短短三百來字，頂多也就兩張紙，哪來的一屋子印版。沈令譽的冤屈顯而易見，由此對郭正域和沈鯉的誣陷自然也不能成立。

　　這個時候，有些人紛紛出來檢舉揭發，錦衣衛都督王之禎等四人揭發同僚周嘉慶與妖書有關，但不久就查明純屬誣告。案情越來越復雜。參與審訊的官員得到沈一貫暗示，想逼迫之前誣陷錢夢皋女婿阮明卿的胡化承認郭正域是妖書的主謀。胡化卻不肯附和，說：“（阮）明卿，我仇也，故訐之。（郭）正域舉進士二十年不通問，何由同作妖書？”

　　因為郭正域曾經當過太子朱常洛的講官（老師），朱常洛聽說此事后，對近侍說：“何為欲殺我好講官？”這話相當有深意，諸人聞之皆懼。為了營救老師，朱常洛還特意派人帶話給東廠提督陳矩，讓他手下留情。陳矩為人精明，盡管太子地位不穩，但也決不會輕易開罪太子。加上沒有任何證據證明郭正域跟“妖書案”有關，顯而易見地是場大冤獄。后來正是由于陳矩的鼎力相助，郭正域才免遭陷害。

　　針對郭正域的審訊一連進行了五天，始終不能定案。明神宗震怒，下詔責問會審眾官，眾官惶惶不安。東廠、錦衣衛，包括京營巡捕，壓力都相當大，京師人人自危，如此一來，必須要盡快找到一只替罪羊。

　　萬歷三十一年（1603年）十一月二十一日，妖書發現后整整十日，東廠捕獲了一名形跡可疑的男子皦生彩，皦生彩揭發兄長皦生光與“妖書案”有關。

　　皦生光本是順天府生員（明朝的生員不僅是官學生，還是一種“科名”），生性狡詐，專門以“刊刻打詐”為生。明人馮夢龍在《智囊全集》中記載了一則他的故事：有一鄉紳為巴結朝中權貴，到處訪求玉杯，想送給權貴做為壽禮，也曾托過皦生光。三天后，皦生光拿著一對玉杯求售，說這對玉杯來自官府，價值百金，現在只要五十金就行。縉紳很高興的買下。沒過幾天，忽然卒吏匆忙的押著兩個吵鬧不休的人前來，再仔細瞧，原來是皦生光和一名宦官，皦生光皺著眉頭說，前次賣給縉紳的玉杯本是皇宮中寶物，被宦官偷出變賣，現在事機敗露，只有物歸原處，雙方才能平安無事。縉紳大為窘困，玉杯已送權貴無法索回，只好請皦生光想辦法，皦生光面帶為難色，過了許久才答應幫忙，他建議縉紳出錢賄賂宦官、衙門官員，或者能得以幸免。縉紳不得已，只有答應，于是拿出近千兩銀子。日后雖明知皦生光借機詐財，但也無可奈何。

　　不僅如此，皦生光還膽大包天地借“國本之爭”訛詐過鄭貴妃的兄弟鄭國泰。當時有個叫包繼志的富商為了附庸風雅，曾經委托皦生光代纂詩集。皦生光故意在詩集中放了一首五律，其中有“鄭主乘黃屋”一句，暗示鄭貴妃為自己的兒子奪取皇位。包繼志根本不懂，便刊刻了詩集。皦生光立即托人訛詐包繼志，說他詩集中有悖逆語。包繼志情知上當，卻也無可奈何，只好出錢了事。皦生光又拿著詩集去訛詐鄭國泰，鄭國泰膽小，加上朝野上下輿論都對鄭貴妃不利，只好出錢了事。

　　皦生彩揭發聲名不佳的兄長后，皦生光之前的事跡全部曝光，錦衣衛如獲至寶，立即逮捕了皦生光，將其屈打成招。

　　事情到了這個地步，本來就可以結案了，主審的刑部尚書蕭大亨為了討好明神宗，還想把“妖書案”往郭正域身上引。但皦生光卻表現出最后的骨氣，在酷刑下始終沒有牽連他人。他的妻妾和年僅十歲的兒子都受到了拷打，卻都沒有按蕭大亨的意思招供。

　　盡管所有人都明白“妖書案”其實與皦生光無關，就連急于結案的沈一貫、朱賡都不相信，他們認為《續憂危竑議》一文論述深刻，非熟悉朝廷之大臣不能為，皦生光這樣的落魄秀才絕對沒有這樣的能耐。但急于平息事端的明神宗還是匆匆結案，皦生光被凌遲處死，家屬發配邊疆充軍。

　　皦生光死后，離奇的第二次“妖書案”就此而平，“妖書”的真正作者始終沒有人知道。過了一段時間后，朝野開始流傳“妖書”其實出于武英殿中書舍人趙士楨之手。

　　趙士楨是明朝歷史上杰出的火器專家，一生研制改進了多種火器。因其在政治上不得志，名字未能如宋應星、徐光啟那樣彪炳史冊。

　　趙士楨的一生，頗富傳奇色彩。他早年是太學生，在京師游學。他能寫一手好字，書法號稱“骨騰肉飛，聲施當世”，時人爭相買他所題的詩扇。有個宦官也十分喜歡趙士楨的書法，買了一把詩扇帶入宮中，結果被明神宗看見，大為賞識，趙士楨平步青云，以布衣身份被召入朝，任鴻臚寺主簿。鴻臚寺有點類似于國賓館，日常職責是凡外國或少數民族的皇帝、使者，到京師朝見皇帝或進貢，按等級供給飲食及招待。

　　趙士楨為人慷慨有膽略，交游頗廣。萬歷五年（1577年），張居正喪父，因貪戀權位不肯回家奔喪，發生了震驚朝野的“奪情”事件，五名大臣因此被廷杖。趙士楨不畏干連，予以調護，詞翰聲譽甚盛，號稱“他途入仕”名士。不過，他因“生平甚好口訐，與公卿亦抗不為禮”，加上又因為制造火器得罪了不少人，一生并不得志，當了十八年鴻臚寺主簿才升為武英殿中書舍人，還經常受到懷疑、誹謗。皦生光被殺后，京中盛傳妖書“是東嘉趙士楨所作也”。趙士楨為此而身心勞瘁，據說他已經精神錯亂，甚至多次夢見皦生光索命，終于一病不起，抑郁病亡。

　　但趙士楨是妖書作者始終只是傳說，并沒有證據，真正的作者到底是誰，始終沒有人知道。“妖書案”雖平，但其影響所及，卻已遠逾宮廷，遍及朝野，險惡的宮廷斗爭也并沒有就此平息。