這三個藩王本來是投降清朝的明軍將領，一個是引清兵進關的吳三桂，一個叫尚可喜，一個叫耿仲明。因為他們幫助清朝消滅南明，鎮壓農民軍，清王朝認為他們有功，封吳三桂為平西王，駐防云南、貴州：尚可喜為平南王，駐防廣東；耿仲明為靖南王，駐防福建，合起來叫做“三藩”。

　　三藩之中，又數吳三桂最強。吳三桂當上藩王之后，十分驕橫，不但掌握地方兵權，還控制財政，自派官吏，不把清朝廷放在眼里。

　　康熙帝知道要統一政令，三藩是很大的障礙，一定得找機會削弱他們的勢力。正好尚可喜年老，想回遼東老家，上了一道奏章，要求讓他兒子尚之信繼承王位，留在廣東。康熙帝批準尚可喜告老，但是不讓他兒子接替平南王爵位。這一來，觸動了吳三桂、耿精忠（耿仲明的孫子），他們想試探一下康熙帝的態度，假惺惺地主動提出撤除藩王爵位、回到北方的請求。

　　這些奏章送到朝廷，康熙帝召集朝巨商議。許多大巨認為吳三桂他們要求撤藩是假的，如果批準他們的請求，吳三桂一定會造反。

　　康熙帝果斷地說：“吳三桂早有野心。撤藩，他要反；不撤，他遲早也要反。不如來個先發制人。”接著，就下詔答復吳三桂，同意他撤藩。詔令一下，吳三桂果然暴跳如雷。他自以為是清朝開國老臣，現在年紀輕輕的皇帝居然撤他的權，就非反不可了。

　　公元１６７３年，吳三桂在云南起兵。為了籠絡民心，他脫下清朝王爵的穿戴，換上明朝將軍的盔甲，在永歷帝的墓前假惺惺地痛哭一番，說是要替明王朝報仇雪恨。但是，人們都記得很清楚，把清兵請進中原來的是吳三桂；最后殺死永歷帝的，還是吳三桂。現在他居然打起恢復明朝的旗號來，還能欺騙誰呢？

　　吳三桂在西南一帶勢力大，一開始，叛軍打得很順利，一直打到湖南。他又派人跟廣東的尚之信和福建的耿精忠聯系，約他們一起叛變。這兩個藩王有吳三桂撐腰，也反了。歷史上把這件事稱做“三藩之亂”。

　　三藩一亂，整個南方都被叛軍占領。康熙帝并沒有被他們嚇倒，一面調兵遣將，集中兵力討伐吳二桂；一面停止撤銷尚之信、耿精忠的藩王稱號，把他們穩住。尚之信、耿精忠一看形勢對吳三桂不利，又投降了。

　　吳三桂開始打了一些勝仗，后來清兵越來越多，越打越強，吳三桂的力量漸漸削弱，處境十分孤立。經過八年戰爭，他自己知道支撐不下去，連悔帶恨，生了一場大病斷了氣。公元１６８１年，清軍分三路攻進云南昆明，吳三桂的孫子吳世璠自殺。清軍最后平定了叛亂勢力，統一了南方。

　　但是，正在朝廷慶祝平定叛亂勝利的時候，在我國東北邊境又傳來沙皇俄國侵犯邊境的消息，這就使康熙帝不得不把注意力放到北方邊境上面去。